Eroii din trilogia originală X-Men se alătură eforturilor depuse de versiunile lor mai tinere din trecutul explorat de X-Men: First Class pentru a schimba un eveniment istoric ce ar putea pecetlui soarta tuturor purtătorilor genei X....
La un an de la lupta sa cu Şopârla, Peter Parker are o viaţă plină pe care şi-o împarte între eliminarea infractorilor şi timpul acordat iubitei sale, Gwen. Peter nu a uitat de promisiunea făcută tatălui lui Gwen....
New York are nevoie de eroi, căci Shredder şi Clanul Piciorului au pus mâna pe tot. Viitorul se arată sumbru pentru locuitorii metropolei până când nişte fraţi renegaţi ies din dedesubturile oraşului pentru a-şi împlini destinul de Ţestoase Ninja....