După cel de-Al Doilea Război Mondial Japonia a pierdut totul, dar o situație proastă poate deveni întotdeauna chiar mai proastă. Godzilla își face apariția și trimite națiunea niponă mai jos decât a fost vreodată... la un scor negativ....
La 15 ani după Al Doilea Impact, apaticul adolescent Shinji se alătură grupului NERV și tatălui său în lupta contra Îngerilor, însă adevărul i-ar putea nimici pe toți....