La 3 ani după ce Naruto a plecat cu Jiraya să se antreneze, el se întoarce în Konoha, pentru a se reuni cu Sakura şi Kakashi, membri ai Echipei 7, din care face parte şi Naruto. Pe parcursul seriei, Echipei 7 i s-au mai alăturat doi membri, Sai, un băiat ce provine dintr-o organizaţie obscură a satului, şi Yamato, singurul ninja ce poate folosi abilităţile unice ale Primului Hokage. Ei încearcă să îl aducă înapoi în sat pe Sasuke Uchiha, care a plecat la sfârşitul primei serii pentru a se alătura lui Orochimaru, un ninja criminal ce îi promisese mai multă putere...