Acţiunea are loc la aproximativ un an de la întâmplările filmului original, Finding Nemo, şi îi are ca participanţi pe Marlin, Nemo şi Gaşca din Acvariu, printre alţii. Locul peripeţiilor lor va fi de data aceasta lungul coastei californiene....
După ce superticălosul Shredder scapă din arest, își unește forțele cu cercetătorul nebun Baxter Stockman, și cu două “gorile” cu minte puțină, Bebop și Rocksteady, pentru a pune în mișcare un plan diabolic de dominație mondială....